Conosciuto in antico come castrum de Ceulis, era uno dei castelli compresi nel distretto della vicina San Miniato al Tedesco. Già dal 1194 la sua chiesa, costruita dentro il castello e dedicata a San Michele Arcangelo, è citata fra quelle dipendenti dall'antichissima pieve dei Santi Giovanni Battista e Saturnino a Fabbrica, odierno Molino d'Egola (la pieve di Fabbrica è attestata per la prima volta nel 770 da un documento sotto il nome di Peredeo vescovo di Lucca, poi di nuovo nell' 859 e nel 907 in un documento sotto il nome di Pietro II, vescovo di Lucca.
Nel 1316, per la sua importanza strategica, il borgo fu conteso da pisani e fiorentini e conquistato da Uguccione della Faggiola, signore di Pisa; preso nel 1333 da San Miniato divenne poi definitivamente, nel 1370, insieme alla stessa San Miniato, dominio fiorentino. Firenze lo dichiarò allora libero comune e tale rimase fino al 1774 quando il granduca Pietro Leopoldo lo unì a San Miniato.
La storia della chiesa prende definitivamente le mosse nel 1335 quando, in cima alla collina, si insediarono gli Umiliati di regola benedettina, dipendenti dal convento di Ognissanti di Firenze. Con la contemporanea concessione allo stesso ordine del patronato della chiesa da parte del popolo, si diede inizio alla storia del convento o prepositura di Santa Maria e San Michele che, posto nel luogo più alto del castello, vide accrescere la propria importanza quando, nel 1372, il vescovo di Lucca, da cui allora dipendeva Cigoli, concesse il fonte battesimale.
Nell'interno, a tre navate, è notevole il grandioso tabernacolo gotico in stucco, posto in testa alla navata sinistra, fatto costruire nel 1381 per custodire la venerata immagine della Madonna dagli Umiliati del convento ad opera del fiorentino Neri di Fioravante. Sul lato destro del tabernacolo i pii frati hanno lasciato scritti i loro nomi, mentre erano raffigurati in preghiera ai piedi della venerata immagine; oggi dei sette frati, ne restano solo due. Questa decorazione ad affresco, rappresentante, oltre ai frati, cori angelici musicanti intorno alla Vergine e, nella volta del tabernacolo, adoranti intorno a Cristo pantocratore, risale al Quattrocento ed è opera del fiorentino Stefano d'Antonio di Vanni (1405-1483). Sempre dello stesso autore negli ultimi anni sono venuti alla luce, nella cappella della Madonna, i quattro evangelisti, dipinti nelle vele della volta, e i quattro dottori della Chiesa d'Occidente, dipinti nel sottarco.
In testa alla navata destra si trova la cappella di San Giovanni Battista. La statua del titolare è incorniciata da una pregevole tela, opera di Ferdinando Folchi, che la eseguì dopo aver dipinto la grande figura di San Giovanni, sulla parete absidale, e dell'Assunzione di Maria fra cori angelici, nella falsa cupoletta sopra l'altare maggiore; queste opere vennero commissionate al Folchi dal pievano Giovanni Peraimond.
Sulla parete della navata destra è collocata una grande tavola raffigurante l'Annunciazione fra i santi Sebastiano e Rocco.
Le volte delle navate laterali vennero dipinte negli anni Trenta del Novecento dal sanminiatese Amerigo Ciampini, mentre sulla parete sinistra della cappella della Madonna, tra il 1935 e il 1937, il sanminiatese Dilvo Lotti dipinse la storia del miracolo del 21 luglio.
Nel 1316, per la sua importanza strategica, il borgo fu conteso da pisani e fiorentini e conquistato da Uguccione della Faggiola, signore di Pisa; preso nel 1333 da San Miniato divenne poi definitivamente, nel 1370, insieme alla stessa San Miniato, dominio fiorentino. Firenze lo dichiarò allora libero comune e tale rimase fino al 1774 quando il granduca Pietro Leopoldo lo unì a San Miniato.
La storia della chiesa prende definitivamente le mosse nel 1335 quando, in cima alla collina, si insediarono gli Umiliati di regola benedettina, dipendenti dal convento di Ognissanti di Firenze. Con la contemporanea concessione allo stesso ordine del patronato della chiesa da parte del popolo, si diede inizio alla storia del convento o prepositura di Santa Maria e San Michele che, posto nel luogo più alto del castello, vide accrescere la propria importanza quando, nel 1372, il vescovo di Lucca, da cui allora dipendeva Cigoli, concesse il fonte battesimale.
Nell'interno, a tre navate, è notevole il grandioso tabernacolo gotico in stucco, posto in testa alla navata sinistra, fatto costruire nel 1381 per custodire la venerata immagine della Madonna dagli Umiliati del convento ad opera del fiorentino Neri di Fioravante. Sul lato destro del tabernacolo i pii frati hanno lasciato scritti i loro nomi, mentre erano raffigurati in preghiera ai piedi della venerata immagine; oggi dei sette frati, ne restano solo due. Questa decorazione ad affresco, rappresentante, oltre ai frati, cori angelici musicanti intorno alla Vergine e, nella volta del tabernacolo, adoranti intorno a Cristo pantocratore, risale al Quattrocento ed è opera del fiorentino Stefano d'Antonio di Vanni (1405-1483). Sempre dello stesso autore negli ultimi anni sono venuti alla luce, nella cappella della Madonna, i quattro evangelisti, dipinti nelle vele della volta, e i quattro dottori della Chiesa d'Occidente, dipinti nel sottarco.
In testa alla navata destra si trova la cappella di San Giovanni Battista. La statua del titolare è incorniciata da una pregevole tela, opera di Ferdinando Folchi, che la eseguì dopo aver dipinto la grande figura di San Giovanni, sulla parete absidale, e dell'Assunzione di Maria fra cori angelici, nella falsa cupoletta sopra l'altare maggiore; queste opere vennero commissionate al Folchi dal pievano Giovanni Peraimond.
Sulla parete della navata destra è collocata una grande tavola raffigurante l'Annunciazione fra i santi Sebastiano e Rocco.
Le volte delle navate laterali vennero dipinte negli anni Trenta del Novecento dal sanminiatese Amerigo Ciampini, mentre sulla parete sinistra della cappella della Madonna, tra il 1935 e il 1937, il sanminiatese Dilvo Lotti dipinse la storia del miracolo del 21 luglio.
Una tavoletta dipinta attribuita al Cigoli per Giovan Battista Cardi nella sua iscrizione originaria recita: Gio: Batta di Ulivieri di Battista di Ulivieri di Francesco di Nanni di Cecco di Ciardo essendo nato zoppo di anni 4 fu votato alla Madonna di Cigoli a di 20 Agosto fu liberato per sua gratia. A.D. MDIIC. Si tratta di EX VOTO dipinto per il nipote e biografo del Cigoli. Il Cigoli dipinse per il santuario anche una "Madonna dello spasimo" andata perduta.
